Tali trattamenti coinvolgono spesso più specialisti, dal chirurgo maxillo-facciale, plastico, al neurochirurgo, all'otorino, all’oculista e molti altri. È pertanto fondamentale che lo specialista in ortognatodonzia lavori in team con tutti gli altri con l’obiettivo di ridurre al minimo il carico già molto pesante dato dall’insieme di tante terapie.

La malformazione congenita più frequente che coinvolge il distretto maxillo-mandibolare è senza dubbio la labio-palato-schisi con un nuovo nato su 700.  La seconda categoria di malformazioni congenite del volto per prevalenza include le sindromi del I e II arco branchiale, quali la Sindrome Otomandibolare o la S.di Goldenhar (1:5600), o la S. di Franceschetti (1:25000). Meno frequenti, ma più complesse dal punto di vista del trattamento, non solo chirurgico, ma anche ortopedico-ortodontico, sono le craniofaciostenosi, quali le S. di Crouzon (1:25000) o di Apert (1:50000).

È fondamentale che chi si occupa del trattamento di questi bambini abbia una preparazione specialistica con una conoscenza approfondita dei processi di crescita che caratterizzano la patologia. Lo specialista deve mantenersi in stretto contatto con il centro di riferimento chirurgico in modo da coordinare al meglio i tempi e le modalità di  trattamento.
Raramente è necessario intervenire ortodonticamente prima dei 7-8 anni. A tale età è necessaria una espansione ortopedica del mascellare superiore, che è generalmente collassato, per creare spazio per una fisiologica eruzione dentale, per permettere un corretto allineamento e per eliminare traumi dentali anteriori. In alcuni casi l’espansione ossea del mascellare è indicata in preparazione ad un innesto d’osso alveolare.
Questa prima fase non dovrebbe superare, in genere, i 12-20 mesi ed è importante che non sia fatta troppo presto. Interventi troppo precoci rischiano di recidivare ed essere solo un inutile ulteriore carico per il bambino e la famiglia.
I pazienti con labio-palato-schisi spesso presentano un deficit di crescita anche sagittale del mascellare superiore. Tali difetti, quando molto gravi, vengono risolti chirurgicamente a  fine crescita, previa preparazione ortodontica pre-chirurgica.
Una nuova tecnica, la tecnica di Liou, permette nei casi medio-gravi un avanzamento importante del mascellare solo ortopedico (effettivamente osseo e non dentale), da eseguire intorno ai 12 anni di età, cioè quando vi è un picco di crescita già più vicino temporalmente alla fine della crescita mascellare. Con tale tecnica vengono svincolate tutte le suture del mascellare superiore, che in tal modo può essere spostato verso l’avanti. 

Un tempo si pensava che l’asimmetria di questi pazienti fosse progressiva e che quindi si dovesse intervenire molto precocemente per “bloccare“ un presunto aggravarsi della patologia nel tempo. Malgrado alcuni centri ancora basino il loro trattamento su tale principio, è stato dimostrato che la sproporzione del viso di questi bambini si mantiene uguale durante tutto l’arco della crescita, e interventi chirurgici precoci, pur giustificati a volte da motivi psicologici, tendono a recidivare in pochi anni. Anche lunghi anni di trattamenti ortopedici continuativi non sono più giustificati alla luce delle attuali conoscenze. Le necessità ortopediche o ortodontiche, quindi, in queste forme sindromi, variano da bambino a bambino e non sono generalizzabili. Fondamentale è la preparazione ortodontica pre-chirurgica a fine crescita, che permette di ottenere il miglior risultato non solo funzionale , ma anche estetico, che il giovane adulto manterrà per il resto della vita.

In questi pazienti il trattamento chirurgico è più complesso e articolato. È importantissimo ricordare (dato sfortunatamente spesso non conosciuto da molti specialisti in ortognatodonzia) che è assolutamente controindicata qualunque forma di ortopedia facciale in fase di crescita, nei tempi e nei modi in cui tali tecniche vengono applicate a bambini non affetti da queste sindromi, poichè le suture della faccia in questi pazienti si saldano molto precocemente. Quindi mai devono essere utilizzate trazioni postero anteriori (come la maschera di Delaire) e solo in rarissimi casi è possibile tentare espansioni del palato.  Complessa è anche l’ortodonzia in questi pazienti che prevede in genere estrazioni e scappucciamenti. Tutta l’ortodonzia in questi pazienti deve essere già impostata in previsione dei movimenti chirurgici programmati a fine crescita in modo tale da non eseguire movimenti che vadano “smontati” in un secondo tempo.